> ggplot(m6A_TPM,aes(x=GV,y=MII,color=color)) + geom_point() +scale_color_gradient(low="grey", high="blue") + stat_bin2d(bins = 100) + stat_smooth(method="lm",color="red")+theme_bw()+theme(panel.grid=element_blank())

1. ## A largish data set
2. n <- 10000
3. x1 <- matrix(rnorm(n), ncol = 2)
4. x2 <- matrix(rnorm(n, mean = 3, sd = 1.5), ncol = 2)
5. x <- rbind(x1, x2)
6.  
7. oldpar <- par(mfrow = c(2, 2), mar=.1+c(3,3,1,1), mgp = c(1.5, 0.5, 0))
8. smoothScatter(x, nrpoints = 0)
9. smoothScatter(x)
10.  
11. ## but considerably *less* efficient for really large data:
12. plot(x, col = densCols(x), pch = 20)
13.  
14. ## use with pairs:
15. par(mfrow = c(1, 1))

为了调查与该疾病相关的可能病原，研究人员收集了支气管肺泡灌洗液（BALF）并进行了深转录组测序。临床标本在上海公共卫生临床中心的生物安全3级实验室中处理。从200μlBAL液中提取总RNA，并使用Illumina MiniSeq构建亚转录组文库，用于成对末端（150 bp）测序。该研究总共产生了56,565,928个从头开始的序列读取组装并筛选潜在的病原体。在Megahit组装的384,096个重叠群中，最长的（30,474个核苷酸[nt]）具有很高的丰度，并且与蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45高度相似。分别通过RT-PCR和5’/ 3’RACE试剂盒（TaKaRa）确定并确认了这种新型病毒的基因组序列及其末端。将该新病毒命名为WH-人类1型冠状病毒（WHCV）（也称为“ 2019-nCoV”），其整个基因组序列（29,903 nt）上传到GenBank，登录号为MN908947。通过定量PCR（qPCR）估计BALF样品中的病毒载量为3.95×10^8拷贝/ mL。

sudo  apt-cache  search  package_name

apache 允许插件：

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a2+ en +mod
a2+ dis + mod

sudo a2enmod proxy proxy_balancer proxy_http

sudo a2dismod proxy proxy_balancer proxy_http

查看安装的模块 ls /etc/apache2/mods-enabled

sg-scafold-seq: AAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTT

有点怀念了

一个失败的研究？ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84230

从这儿下载UCSC的数据go，所有在ucsc genobrower 的数据都可以从这儿下载，比如ncbi_refseq ;ensembel 的refseq等。非常有用，一般软件开发时候会从这儿下载一些材料go，在一个全新的运行环境下布署生物信息分析软件。